京大学大学院農学生命科学研究科寺田透先生との共同研究により，b,g-unsaturated quinonoid の構造モデルを PseP/ b-NAD クライオ電子顕微鏡構造にドッキングし，b-NAD C-4 位と b,g-unsaturated quinonoid の C-g 位の距離の MD シミュレーションを行った．その結果，計算時間中 62 % で 5.0 Å 以下の距離となり，クライオ電子顕微鏡構造は実際の反応中の酵素構造を反映している可能性が高いことが示された．図 2．a SbzP が触媒する b-NAD，SAM 縮合反応，b SbzP ホモログ酵素 PseP のクライオ電子顕微鏡構造，cPseP の b-NAD，b,g-unsaturatedquinonoid の MD シミュレーションのスナップショット (b-NAD 結合に重要な残基を赤で，SAM 結合に重要な残基を青で示した )図 3．a PseP 変異体による azaindane dinucleotide 生産能の比較，b PseP 変異体による MTA 生産能の比較，cPsePsite1 への SAM の docking構造，dPsePsite2 への SAM の docking構造― 180 ―
元のページ ../index.html#182