R2A または 1/2 LB 寒天培地 (固形化前) に加え，これに iChip を浸漬することで各ウェルに微生物細胞を接種した．寒天培地の両面を半透膜 [ポリカーボネート メンブレン (孔径0.05µm)] で覆った後，iChip を⼟壌サンプルで満たしたプラスチック容器に埋め込んだ．30˚C で1 ヶ⽉間の培養後，各ウェルから分離した寒天プラグを新しい寒天培地上に接種した．寒天培地上で十分な生育が認められたコロニーを再度寒天培地上に植え継ぎ，純化培養を行なった．その後，16S rRNA 遺伝子のシーケンス解析を実施し，iChip から分離された菌株の系統樹を作成するとともに，ライブラリー化した．② 抗菌活性試験I: 培養物の調製iChip から単離した微生物を 10 mL の液体培地（LB, TSB, NB, SYM, MR5, R4, R2A および SMS 培地）を用いて，30˚C で8⽇間振とう培養 (200 rpm) した．1,600 µL の培養上清を遠心エバポレーターにより乾固し，160 µL の滅菌水に溶解することで，培養上清と比較して 10 倍の濃度の培養サンプルを調製した．II: 抗菌物質検定プレートの作製抗菌活性試験の検定菌として，Staphylococcus aureus（グラム陽性細菌），Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa および Acinetobacter baumannii（それぞれグラム陰性細菌）を使用した．これら病原菌をミューラーヒントンII培地を用いて対数増殖期まで培養後，細胞濁度 (OD600) が 0.03 となるよう希釈し，ミューラーヒントンII寒天培地に塗布したものを検定プレートとした．I で調製した 10倍濃縮した培養物 2.5 µL を各検定プレートにスポットし，阻止円の有無により各種病原菌に対する抗菌活性を評価した．③ Actinorhabdospora filicis UIM0029 の全ゲノムシーケンスおよび二次代謝産物生合成遺伝子クラスターの解析Actinorhabdospora filicis UIM0029 を ISP2 寒天培地上で30˚Cで 3⽇間培養し，フェノール・クロロホルム抽出によりゲノム DNA を調製した．PacBio シーケンスにより全ゲノム解析後，二次代謝産物生合成遺伝子クラスター予測ツール antiSMASH を用いて，同菌に存在する二次代謝産物生合成遺伝子に関する情報（遺伝子クラスター数およびクラスタータイプ）を取得した．全ゲノム解析は株式会社 生物技研に委託した．結果及び考察これまでに⻑野県内の 3 地点から取得した⼟壌サンプルから，iChip を用いて 104 菌株の細菌を分離している（図2）．その中には既知細菌との 16S rRNA 遺伝子の相同性が低い新種の細菌 Paenibacillus sp. UIM0019［相同性 97.15%（1478 塩基中1436 塩基）］や Azospirillum sp. UIM0033 ［相同性 97.19%（1388 塩基中1349 塩基）］が含まれるなど，多種多様な菌株を取得することができている．これら微生物から 48 菌株を 8 種類の培地を用いて培養し，合計 384 の培養物を調製後，S. aureus, E. coli, P. aeruginosa および A. baumannii を対象とした抗菌活性試験に供した．その結果 S. aureus にのみ活性を示すものが 6サンプル（Pedobacter sp. UIM0012, Streptomyces sp. UIM0021，および Streptomyces sp. UIM0031 由来の培養物），E. coli にのみ活性を示すものが 1 サ― 105 ―
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